Los Aiguamolls de l?Empordà (en castellano, «Pantanos o Cenagales del Ampurdán») son un conjunto de marismas generadas por el curso final del río Muga y del Fluviá (Alto Ampurdán) y del Ter y del Daró (Bajo Ampurdán), constituyendo la segunda zona húmeda más importante de Cataluña (España), después del delta del Ebro.

Esta área húmeda del Alto Ampurdán fue declarada Paraje de Interés Natural según una ley aprobada por el Parlamento de Cataluña en 1983.

Tiene una extensión de 4.824 hectáreas y abarca las tierras del curso bajo del río Muga y del Fluviá (lago de Vilaüt, la Massana, la Rogera, la Llarga...), junto con una amplia zona periférica.

Su principal interés se encuentra en la riqueza de la fauna ornitológica, especialmente migratoria.

La declaración de tierras protegidas afecta a nueve municipios: Pau, Rosas (Roses), Pedret i Marzà, Perelada, Palau-Saverdera, Armentera, La Escala (LEscala), Sant Pere Pescador y Castellón de Ampurias (Castellò dEmpuries).

El año 1995 el Parque Natural dels Aiguamolls de l?Empordà empezó la reintroducción de nutrias en los ríos Fluviá y la Muga, dejando en libertad un primer ejemplar importado de Extremadura.

Esta experiencia, del mismo modo que otras similares como la impulsada en Aigüestortes, permiten que el mamífero vuelva a un hábitat natural del que prácticamente había desaparecido.